Die lassen sich trotzdem abbauen (habe das Problem selbst auch), du musst nur gezielt den "Fuss" des Kristalls treffen.
Hatte ich am ersten Tag auf Scorched Earth genauso. Die wachsen irgendwann nach, einfach mal gegenlaufen. Wenn du dann nicht durchlaufen kannst, sind sie wieder da. Mittlerweile habe ich aber dahingehend eine fiesere Abwandlung. Die Ressourcen verschwinden nach dem abbauen ganz normal, spawnen aber unsichtbar nach. Manchmal reicht es, die Renderdistanz zu verlassen um sie wieder sichtbar zu machen. Meist muss ich aber zurück ins Hauptmenü und die Karte neu laden (natürlich vorher lange genug warten, bis die Ressourcen nachgespawnt sein sollten).